В 1968 году вступил в КПСС и из партии формально не выходил.

Осенью 1990 года, будучи начальником гарнизона города Тарту, Джохар Дудаев отказался выполнить приказ: блокировать телевидение и парламент Эстонии. Однако этот поступок не имел для него никаких последствий.

Политическая деятельность

До 1991 года Дудаев бывал в Чечне наездами, но на родине о нем помнили. В 1990 году Зелимхан Яндарбиев убедил Джохара Дудаева в необходимости вернуться в Чечню и возглавить национальное движение. В марте 1991 (по другим данным - в мае 1990) Дудаев вышел в отставку и вернулся в Грозный. В июне 1991 года Джохар Дудаев возглавил Исполнительный комитет Общенационального Конгресса чеченского народа (ОКЧН). По сообщению Би-Би-Си, советник Бориса Ельцина Геннадий Бурбулис впоследствии утверждал, что Джохар Дудаев при личной встрече заверил его в лояльности Москве.

В начале сентября 1991 года Дудаев встал во главе митинга в Грозном, требовавшего роспуска Верховного Совета ЧИ АССР в связи с тем, что 19 августа руководство КПСС в Грозном поддержало действия ГКЧП СССР. 6 сентября 1991 года группа вооружённых сторонниками ОКЧН во главе с Джохаром Дудаевым и Яраги Мамадаевым ворвалась в здание Верховного Совета Чечено-Ингушетии и под угрозой оружия заставила депутатов прекратить свою деятельность.

1 октября 1991 года решением Верховного совета РСФСР Чечено-Ингушская Республика была разделена на Чеченскую и Ингушскую Республики (без определения границ).

10 октября 1991 года Верховный Совет РСФСР в постановлении "О политическом положении в Чечено-Ингушетии" осудил захват власти в республике Исполкомом ОКЧН и разгон Верховного Совета Чечено-Ингушетии.