17 июня 2006 года, в связи с гибелью президента Ичкерии Абдул-Халима Сайдулаева, вице-президент ЧРИ Докку Умаров приступил к выполнению обязанностей президента непризнанной Чеченской Республики Ичкерия.

В апреле 2007 года представители российской стороны обратились через посредников к сепаратистам с предложением показать место захоронения Хамада Умарова. Докку Умаров подтвердил информацию об убийстве своего отца.

"Имарат Кавказ"* и вооруженное подполье

7 октября 2007 года Докку Умаров выступил с обращением, в котором провозгласил новое образование - Кавказский Эмират (Имарат Кавказ)*. Умаров объявил себя амиром боевиков Кавказа и призвал к всемирному джихаду против всех, "кто напал на мусульман". "Наш враг не только Русня, но и Америка, Англия, Израиль, все кто ведут войну против ислама и мусульман", - заявил Докку Умаров.

6 ноября 2007 г. парламент непризнанной республики Ичкерия прекратил полномочия Докку Умарова в качестве президента и председателя Кабинета министров. 22 ноября 2007 года депутаты парламента ЧРИ назначили главой правительства Ичкерии бывшего специального представителя Аслана Масхадова в странах Запада Ахмеда Закаева.

Несмотря на своё формальное отстранение от верховной власти в Ичкерии, Докку Умаров сохранил своё влияние на большинство отрядов сепаратистов и, по сообщениям ИА "Кавказ-центр", в первой декаде апреля 2008 г. "провел совещание Шуры Юго-Западного Фронта ВС Имарата Кавказ"*.

19 января 2010 года в горной части Чечни начались масштабные спецоперации против участников вооруженного подполья, основной целью которых глава Чечни Рамзан Кадыров назвал поиск и нейтрализацию Докку Умарова.