Родился 18 августа 1955 года в Абхазии. В 1972 году окончил Сухумскую среднюю школу №14 им.А.П.Чехова.

В 1974-1976 гг. служил в рядах Советской армии. По окончании срочной службы и вплоть до 1979 г. работал в Сухумском физико-техническом институте.

В 1981 г. окончил исторический факультет АГУ. С 1981 по 1984 год Батал Кобахия - аспирант Института Археологии Академии Наук СССР.

В период с 1979 по 1996 годы Б.Кобахия - сотрудник отдела археологии АбНИИ языка, истории и литературы. С 1985 по 1989 год - преподаватель кафедры зарубежной истории АГУ.

В 1990-1992 гг. - директор Историко-архитектурного заповедника "Сухумская крепость".

1992-1993 гг. Батал Кобахия - участник войны в Абхазии, один из организаторов медико-санитарного батальона.

С 1994 года Б.Кобахия является исполнительным директором общественного "Центра гуманитарных программ". Возглавляемая Баталом Кобахия неправительственная организация занимается проблемами, связанными с разрешением конфликтов, установлением связей и взаимодействием с различными общественными организациями на Кавказе.

В 1995 году Б.Кобахия было присвоено звание "Герой Абхазии" - за организацию медицинской службы в полевых условиях и оказание медицинской помощи воинам и гражданскому населению в период военных действий 1992-1993 гг.

Автор статей по археологии, публиковавшихся в различных журналах бывшего СССР (в том числе в "Советской археологии"), сборниках научных трудов Абхазского научно-исследовательского института истории, языка и литературы и Абхазского государственного университета.

После окончания грузино-абхазской войны 1992-1993 гг. Батал Кобахия опубликовал серию статей и аналитических материалов, связанных с разрешением конфликтов, миграционными процессами, развитием демократических институтов и гражданского общества не только в Абхазии, но и, в целом, на Кавказе.

Холост.