Родился 2 февраля 1951 года в Москве. В 1974 году окончил Институт стран Азии и Африки при Московском государственном университете им.М.В.Ломоносова и получил диплом по специальности "История". Во время учёбы, в 1972 г., проходил языковую практику в Туркмении и Египте.

С 1974 по 1976 год служил в рядах Советской Армии, в Алжире.

В 1978 году защитил кандидатскую, в 1995 году - докторскую диссертацию по историческим наукам. Специалист по исламу.

С 1976 по 1982 год Алексей Малашенко - научный сотрудник Института востоковедения Российской академии наук (РАН). В 1979-1980 гг. в качестве советника участвовал в экспедиции РАН в Ливии.

В 1982-1986 гг работал редактором журнала "Проблемы мира и социализма" (Прага, Чехословакия).

С 1986 по 1999 год А.Малашенко - заведующий сектором исламоведения Института востоковедения РАН. В 1990 г. в качестве профессора по приглашению преподавал в Колгейтском университете (США).

В 1999-2001 гг. работал ведущим научным сотрудником Института востоковедения РАН. С 2000 г. А.Малашенко занимает пост профессора Московского государственного института международных отношений (МГИМО) МИД РФ.

С 2007 года Алексей Малашенко - профессор Высшей школа экономики Государственного университета.

Заведующий сектором религии и идеологии Института востоковедения Российской Академии наук. Сопредседатель программ "Межнациональные отношения в России и СНГ", "Этничность и нациестроительство" Московского Центра Карнеги, член научного совета Центра.

Автор ряда книг, в их числе: "Islam in Central Asia" (совместно с Р.Л.Полонской), изданной в Великобритании в 1993 году (на англ. языке), "Мусульманский мир СНГ" (Москва, 1996), "Исламское возрождение в современной России" (Московский Центр Карнеги, 1998), "Исламские ориентиры Северного Кавказа" (Московский Центр Карнеги, 2001), "Тревожные рубежи России: чеченский фактор в постсоветской России" (Вашингтон, Фонд Карнеги, 2004 (на англ. языке)), "Как выбирали в Чечне" (Московский Центр Карнеги, 2006), "Исламская альтернатива и исламистский проект" (Московский Центр Карнеги, Весь Мир, 2006), "Ислам для России" (Московский Центр Карнеги, РОССПЭН, 2007) и многих других.