Родился в октябре 1965 года в Нахичевани. Окончил юридический факультет Бакинского университета.

Был активистом Народного фронта Азербайджана.

В 1992-1993 гг., во время правления президента Абульфаза Эльчибея (лидера Народного фронта), Фазиль Мустафаев возглавлял государственно-правовой отдел в администрации главы государства.

С 1998 по 2001 год Ф.Мустафаев являлся заместителем председателя партии "Народный фронт". Впоследствии он основал "Партию великого созидания" и является её председателем.

В 2005 г. Фазиль Мустафаев был избран в парламент.

Ф.Мустафаев участвует в качестве кандидата в выборах президента Азербайджана 15 октября 2008 года.

Женат, имеет двух детей.