Ногайцы в основной своей массе - мусульмане-сунниты ханафитского толка. Ислам стал проникать на территорию проживания предков ногайцев - кочевников-тюрок, видимо, с 10-11 вв. Массовая их исламизация началась в Золотой Орде с официальным введением мусульманства ханом Узбеком в 1312 г.
Народные предания ногайцев связывают принятие ими ислама с Золотой Ордой (ногайцы отождествляются в них с "узбеками") и с "султаном Бабаткулем". Султан Бабаткуль - это широко известный среди казахов, каракалпаков, узбеков и ногайцев "святой" Баба Туклес, или Баба-Туклес Шашлы-Азиз. К этому "святому", а через него и к одному из четырех "праведных" халифов возводили свою генеалогию правители Ногайской Орды, потомки золотоордынского беклярибека Едигея. Народные предания таким образом отразили огромную роль суфийских шейхов если не в исламизации, то по крайней мере в укреплении ислама на обширных степных просторах Евразии, бывших некогда родиной большинства ногайских племен.
Ко времени этнической консолидации (15 в.) среди ногайцев уже довольно прочно утвердился ислам, который оказал огромное влияние на их духовную культуру. В то же время под оболочкой исламских представлений сохранялось и наследие языческих времен. Так, синонимом слова "Аллах" стало название древнего тюркского верховного бога - Тангыр. До наших дней дожили представления о духах-хозяевах разных стихий: земли, воды, ветра и т. д. Ислам принес образ духа джинна. На вере в этих духов основана лечебная практика мулл, а также знахарей. В то же время из верований ногайцев вымываются и уходят в сферу фольклора древние местные представления о существовании демона албаслы, дракона аздаа, духов Сазаган, Елмавыз, пари, обыр и т. д.
На основе дошедших до нас свидетельств можно заключить, что среди ногайцев ислам в средние века бытовал в основном в форме суфизма, видимо, более подходившего к преимущественно кочевому образу жизни большинства ногайского населения и его психическому складу. Среди ногайцев Большой Ногайской Орды было широко распространено учение братства йасавийа, среди других групп ногайцев преобладали последователи учения накшбандийа. Еще в прошлом веке казахи-адаевцы рассказывали предания о прославленном ногайском шайхе Хейрулла-Суфуе, жившем на Мангышлаке во времена Ногайской Орды и почитавшемся как великий чудотворец. Его силсила восходила через "святых" Султан-Эпе (Султан-апа) и Гаким-Ата (Хаким-ата) к xвaджa Ахмаду ал-Йасави. Лишившись политической самостоятельности и пережив трагедию вынужденного переселения (мухаджара), ногайцы утратили собственные суфийские традиции, и в 19-20 вв. исламский мистицизм среди них был распространен незначительно и имел не местное происхождение (из Бухары, Дагестана или Чечни).
В качестве одной из характерных черт ногайцев времен Ногайской Орды очевидцы называют их трепетное отношение к могилам (кишене/кэшэне) своих видных людей, в основном правителей. Это были целые архитектурные сооружения, возведенные над местом погребения знатного или "святого" человека. На Северном Кавказе с тех времен сохранились возведенные еще в золотоордынское время Татартупский минарет и мавзолей Борга Каш, приписываемый ногайскому племени борганов. Мечети у ногайцев были двух видов: стационарные крытые и "открытые". Стационарные мечети возводились в основном на местах зимовий или в оседлых аулах. Кочевые ногайцы зимой молились в специально отведенной юрте, а в теплое время года устраивали в степи своеобразную "открытую" мечеть: расчищалась площадка, способная вместить верующих общины, на которой и совершалась совместная молитва. Такие места для моления обычно создавались перед пятничной молитвой; после перекочевки расчищали новую площадку. Вообще очевидцы отмечали любовь ногайцев к совершению молитвы на открытом воздухе. "Святые места" представляют собой в основном могилы людей, известных своей праведной жизнью; они отмечены шестом с развевающимися на нем разноцветными лоскутами. Основная масса ногайцев не посещает их, культ "святых" мест сохраняется лишь у части астраханских ногайцев.
Годы советской власти нанесли огромный урон религиозной жизни ногайцев нанесли. В течение 20-30-х гг. были разрушены все мечети, репрессировано большинство мулл, кадиев (шариатских судей), эфенди (людей с высшим религиозным образованием), ахунов, имамов, муэдзинов. Уцелевшие были вынуждены свернуть свою деятельность. К началу 90-х гг. 20 в. на территории Ногайской степи осталось не более 2-3 мулл, знакомых с арабописьменной литературой. Лишь небольшое число людей из старшего поколения совершали намаз (мусульманскую пятикратную молитву). Из-за отсутствия мечетей намаз совершался сугубо индивидуально, а религиозное обучение, даже в домашних условиях, было сведено на нет. В то же время ногайцы старались соблюдать внешние признаки принадлежности к исламу (неупотребление свинины, обрезание и т. д.).
В прошлом у ногайцев была широко растранена религиозная литература. Это различные издания и списки Корана, тафсиров, других книг. Широко были распространены книги по вероучению ханафитского мазхаба ("Дрор", "Мультана" и др.). Ногайские эфенди и муллы имели солидные собрания религиозной литературы на арабском, ногайском, других тюркских языках. Среди грамотной части ногайского общества были распространены также периодические издания, выходившие в России и за ее пределами: ногайская газета "Эдиль", которую издавал астраханец Абдурахман ('Абд ар-Рахман) Умеров, российские газеты на тюрки "Вакыт", "Юлдуз", "Ульфат", "Тарджуман", турецкие - "Мизан" и "Савах" и др. В советские годы большинство книжных собраний погибло; сегодняшние частные и мечетские собрания в основном представляют собой то, что удалось спасти. В них высок удельный вес рукописной литературы.
В последние годы на территории проживания ногайцев религиозная жизнь оживилась. Строятся мечети, вновь появились имамы и муэдзины (при небольших мечетях эти должности обычно совмещаются). Отправляются религиозные обряды. Празднуется мавлид - день рождения Пророка, широко отмечаются два главных мусульманских праздника - Ураза-байрам и Курбан-байрам. При мечетях открываются мектебы (их число не превышает 10), в которых учатся желающие получить первоначальные знания об исламе. При крупных мечетях открываются мадраса. В них обучают азам арабского языка, основам религии (дин) и культа (ибадет). Дальнейшее религиозное образование ногайцы получают в исламских вузах Бухары, Уфы, Черкесска, Буйнакска, других городов, а также в дальнем зарубежье. Десятки молодых ногайцев обучаются в исламских вузах Египта, Кувейта, Саудовской Аравии, Турции и Ирана, в том числе в таких всемирно известных, как каирский ал-Азхар.
С начала 90-х гг. ногайцы активно восстанавливают широкие связи с внешним мусульманским миром, характерные для них до революции 1917 г. В Ногайской степи после 70-летнего перерыва появились свои хаджжи, число которых растет. Налаживаются связи с ногайской диаспорой, в основном в Турции.
Степные ногайцы сегодня почти со всех сторон окружены шафиитским населением, что не проходит бесследно. В местах особенно тесного соседства (Бабаюртовский район Дагестана, Шелковской район Чечни) некоторая часть ногайского населения приняла шафиитский толк. В то же время духовные авторитеты, воспринимая ханафитский толк как неотъемлемую часть этнического облика ногайцев, активно противодействуют проникновению шафиизма в молодежную среду. Муллам приходится вести борьбу и с идеями ваххабизма, которые также в последние 5-6 лет проникают с территории Дагестана и Чечни. Наибольшее распространение среди ногайцев, особенно молодежи, ваххабизм получил на территории Шелковского района Чечни, однако вспышек противостояния между ваххабитами и ханафитами не наблюдалось. Большого распространения какие-либо исламские партии или движения среди ногайцев не получили.
Угроза потери конфессиональной составляющей этнического самосознания вынуждает ногайцев искать пути выхода из создавшейся ситуации. Духовные лица предлагают создать кадият Ногайской степи по примеру существовавшего в 19 - начале 20 в. Ногайского кадията. Съезд мусульман Ногайской степи в 1990 г. избрал Кадием Ногайской степи имама Кожаева Я. А., но кадият тогда создан не был. Большинство ногайских общин сохраняют фактическую автономию; часть их подчиняется соответствующим территориальным муфтиатам (муфтийат) - Духовному управлению мусульман Карачаево-Черкесии и Ставропольского края, Духовному управлению мусульман Дагестана, Духовному управлению мусульман Чеченской Республики Ичкерия. В Республике Дагестан действует также Духовное управление мусульман Ногайского района, стремящееся объединить все общины в Ногайской степи.