Учреждено указом императрицы Екатерины II от 22 сентября 1788 г. как Оренбургское магометанское духовное собрание. Открыто в Уфе 4 декабря 1789 г. Глава Духовного собрания - муфтий - избирался мусульманским обществом и по представлению министра внутренних дел утверждался "высочайшей властью". Духовное собрание ведало всеми делами, имеющими отношение к мусульманской религии, и непосредственно руководило всем мусульманским духовенством на территории страны за исключением Таврической, западных губерний и Закавказского края. В его компетенцию входило: а) производство испытания лицам, желающим занять какую-либо духовную должность; б) надзор за деятельностью мусульманских служителей культа; в) дела о строительстве мечетей и назначении к ним духовных лиц; г) дела по метрикации (ведению актов гражданского состояния); д) рассмотрение в качестве второй инстанции жалоб на приходское духовенство, касающихся порядка богослужения, совершения обрядов и исполнения треб, дел о заключении и расторжении браков, о частной собственности в случае споров, возникающих по завещаниям или при разделах наследственного имущества, о неповиновении детей родителям и о нарушении супружеской верности. Указом императрицы муфтию и членам Духовного собрания было установлено государственное жалованье.

В годы советской власти Духовное собрание было преобразовано в Центральное духовное управление мусульман, а объем его функций был существенно сокращен.

В 1992 г. решением VI съезда мусульман России и Европейских стран СНГ было учреждено Центральное духовное управление мусульман России и Европейских стран СНГ с местопребыванием в Уфе. Верховным муфтием - председателем Духовного управления был избран Талгат Таджуддин.

На март 1997 г. под каноническим руководством Духовного управления находилось более 3700 мусульманских религиозных объединений, действующих на соответствующих территориях. В функции Духовного управления входит руководство деятельностью религиозных объединений, подготовка служителей ислама и их распределение, издание религиозной литературы, содействие строительству мечетей, поддержание контактов с зарубежными религиозными организациями. Духовное управление проводит большую работу по исламскому просвещению населения, организует конференции, симпозиумы, собеседования, приглашает ведущих зарубежных проповедников и богословов для чтения курсов лекций в духовных учебных заведениях и выступлений в мечетях, направляет деятельность школ по изучению основ ислама и арабского языка, функционирующих при мусульманских религиозных объединениях. Активно занимается благотворительной и миротворческой деятельностью, поддерживает постоянные контакты с мусульманскими организациями многих зарубежных стран. Содержится ЦДУМР за счет отчислений мусульманских религиозных объединений и добровольных пожертвований верующих.