Старейшая русская военная флотилия. Создана по указу Петра I в ноябре 1722 года в Астрахани, участвовала в Персидском походе 1722-23 годов, оказывала содействие русским войскам при занятии в 1796 году Дербента и Баку, в русско-иранской войне 1804-13 годов.

По Гюлистанскому мирному договору 1813 года Каспийская военная флотилия осталась единственной военной флотилией на Каспийском море. С 1867 года ее главной базой стал Баку. По мере стабилизации обстановки на Каспийском море состав флотилии постепенно сокращался, и к началу XX века она имела 2 канонерские лодки и несколько вооруженных пароходов.

Моряки Каспийской военной флотилии активно участвовали в революционном движении в Баку в 1903-05 годах и установлении там Советской власти в 1917 году. Для содействия войскам Красной Армии в апреле - июне 1918 года в Астрахани был сформирован Военный флот Астраханского края, усиленный осенью 1918 года доставленными с Балтики миноносцами и подводными лодками и переименованный 13 октября 1918 года в Астрахано-Каспийскую военную флотилию. Корабли Каспийской военной флотилии в Баку были захвачены в августе 1918 года контрреволюционным правительством Центрокаспия. Астрахано-Каспийская флотилия была объединена в июле 1919 года с Волжской военной флотилией и переименована в Волжско-Каспийскую военную флотилию. 1 мая 1920 года корабли флотилии вошли в Баку, где был образован Каспийский военный флот в составе 3 вспомогательных крейсеров, 10 миноносцев, 4 подводных лодок и других кораблей. Одновременно с Каспийским флотом в Баку находился Красный флот Советского Азербайджана. Оба флота в 1920 году завершили очистку Каспийского моря от белогвардейцев. В июле 1920 года Каспийский и Азербайджанский флоты были объединены в Морские Силы Каспийского моря, переименованные 27 июня 1931 года в Каспийскую военную флотилию.

Во время Великой Отечественной войны 1941-45 годов Каспийская военная флотилия обеспечивала важные морские перевозки войск, военной техники и грузов, особенно во время Сталинградской битвы 1942-43 годов и битвы за Кавказ 1942-43 годов. Награждена орденом Красного Знамени (1945 г.).

В послевоенные годы флотилия продолжала играть роль стабилизирующего военно-стратегического фактора в регионе. Однако после распада СССР и преобразования бывших республик в суверенные государства силы флотилии пришлось перебазировать из Баку в Махачкалу и Астрахань, ставшую ее главной базой.

В настоящее время Правительством Российской Федерации утверждена государственная кораблестроительная программа строительства кораблей для Каспийской флотилии, в рамках которой уже в настоящий момент разработан проект боевых кораблей с учетом специфики Каспия.

Несколько лет назад в составе флотилии была создана Гвардейская Московско-Черниговская бригада морской пехоты, которая принимала участие в вооруженном конфликте в Чеченской республике. За последние три года свыше 900 офицеров, мичманов и прапорщиков флотилии были удостоены Правительственных наград.

В августе 2002 года, по решению Президента Российской Федерации, в Каспийском море было проведено крупномасштабное учение Каспийской флотилии с привлечением частей и подразделений Военно-воздушных Сил, Министерства Внутренних Дел, Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий и Министерства транспорта России. Это первое за последние десятилетия учение такого масштаба, проводимое в Прикаспийском регионе.

Также в сентябре 2002 года корабли флотилии посетили с дружественным визитом столицу Республики Азербайджан - Баку.

В октябре 2002 года Каспийская флотилия отметила свой 280-летний юбилей и 10-летнюю годовщину со дня вывода из Баку.

В мае 2003 года отряд кораблей Каспийской флотилии в составе ракетного катера "Ступинец", базового тральщика "Магомед Гаджиев" и малого гидрографического судна "ГС-301" под флагом командующего флотилией контр-адмирала Старцева Юрия Владимировича совершил визит в порт Актау Республики Казахстан.

Большая советская энциклопедия. 3-е издание. - М., 1970-77.

Веб-сайт Министерства обороны Российской Федерации