Начиная с 2003 года, налоговые органы Кубани приступили к третьему этапу модернизации, в котором участвуют 16 инспекций по проекту Министерства РФ по налогам и сборам и 8 по плану Управления МНС России по Краснодарскому краю. При этом в инспекциях с численностью свыше 100 человек будет внедряться строго функциональная структура с абсолютно одинаковыми подходами по налоговому администрированию юридических и физических лиц включая выездные и камеральные проверки.

Основной целью функциональной ориентации системы налогового администрирования является окончательный переход на принцип "самоначисления", т.е. самостоятельное декларирование налогоплательщиком налогооблагаемой базы, предусмотренное Налоговым кодексом России, а также, установление доброжелательной среды взаимоотношений налоговых органов с плательщиками налогов путем упрощения процедуры сдачи налоговой отчетности и усиления информирования налогоплательщиков.

Переход на новую структуру налогового органа дает возможность налогоплательщику при посещении по конкретному вопросу обращаться в один отдел - отдел работы с налогоплательщиком, и взаимодействовать с любым свободным на данный момент инспектором. В рамках своей функциональной специализации инспектор обеспечивает исполнение всех возложенных на него процедур. Также значительно увеличиваются приемные часы.

Налогоплательщиком остается право сдачи отчетности, как на бумажных, так и на электронных носителях, которые также можно отправить в адрес налоговых органов по почте. Кроме того, в настоящее время проводится работа по организации взаимодействия с налогоплательщиком по электронным каналам связи, что позволит сдавать налоговую отчетность и получать консультации налоговиков не выходя из своего офиса. Для налоговых органов это также открывает большие перспективы. Данное обстоятельство стало возможным с принятием Закона РФ "Об электронной подписи".