Избранный президент Чечни Ахмад Кадыров определил состав комиссии по расследованию обстоятельств свержения легитимной власти в Чечено-Ингушетии. Выступая на пресс-конференции в Москве, А.Кадыров сообщил, что членами комиссии станут 9 избранных старейшин от разных тейпов.

По словам А.Кадырова, руководство Чечни пока не нашло человека, который бы возглавил эту комиссию. Избранный президент республики подчеркнул, что считает создание подобной комиссии своей первоочередной задачей на посту главы Чечни. "Цель у меня одна - указать фамилии людей, которые свергли законную власть в Чечено-Ингушской Республике", - отметил А.Кадыров.

6 сентября 1991г. представителями Джохара Дудаева был распущен парламент Чечено-Ингушетии. При режиме Дж.Дудаева эта дата считалась Днем независимости Ичкерии.

Стоит напомнить, однако, что А.Кадыров в 1994-1996гг. сам участвовал в военных действиях в рядах чеченских боевиков против федеральных сил.

В 1995 году на сходе полевых командиров в селе Ведено Джохар Дудаев назначил Кадырова верховным муфтием Чеченской Республики. В качестве нового духовного лидера Ичкерии Кадыров объявил джихад России. В 1996 году он был одним из участников переговоров Александра Лебедя и Аслана Масхадова в Старых Атагах.

Известен как убежденный противник ваххабизма. 25 июля 1998 года в Грозном по инициативе Кадырова состоялся Конгресс мусульман Северного Кавказа. Участники конгресса осудили ваххабизм и обвинили в "косвенной поддержке" ваххабитов Россию. Кадыров потребовал от руководства Ичкерии распустить вооруженные группировки ваххабитов и выслать религиозных проповедников. После вторжения в августе 1999 года отрядов Басаева и Хаттаба на территорию Дагестана Кадыров отказался участвовать в новой войне против России, объявил Гудермесский, Курчалоевский и Ножайюртовский районы Чечни "зоной, свободной от ваххабизма". 25 сентября 1999 года на митинге в Гудермесе Кадыров вместе с другими боевиками заявил, что готов выступить против ваххабитов с оружием в руках.

10 октября 1999 года Аслан Масхадов своим указом отстранил Кадырова от должности верховного муфтия Чечни, объявив его "врагом чеченского народа", который "подлежит уничтожению".

В начале ноября 1999 года благодаря муфтию Кадырову федеральные силы практически без потерь вошли в Гудермес v второй по величине город республики. 12 июня 2000 года Владимир Путин подписал указ о назначении верховного муфтия Чечни главой временной администрации Чеченской Республики. После назначения Кадыров сложил с себя полномочия верховного муфтия.

12 августа 2000 года Кадыров выступил по местному телевидению и призвал воюющих чеченцев сложить оружие. Обращаясь к полевым командирам, Кадыров заявил, что получил от президента России "полномочия амнистировать участников незаконных вооруженных формирований, не причастных к совершению особо тяжких преступлений".

В январе 2001 года Кадыров дал согласие возглавить Совет директоров чеченского филиала компании "Роснефть".

В августе 2003 года вступил в избирательную кампанию по выборам Президента Чеченской Республики. Выдвинулся на выборы в качестве самостоятельного кандидата, отказавшись от официальной поддержки партии "Единая Россия". 5 октября 2003 года избран на пост Президента Чеченской Республики (за Кадырова проголосовали более 80 процентов избирателей).