В процессе обсуждения законопроекта самыми принципиальными оказались два пункта - количество человек, выдвигаемых в качестве кандидатов в депутаты от республиканских политических организаций и где будут голосовать избиратели - по месту прописки или по месту фактического проживания.

В ходе обсуждения первого вопроса председатель парламентского комитета по законодательству Владимир Начач-оглы выступил за то, чтобы партии и ОПД имели возможность через съезды выдвигать своих кандидатов в депутаты во всех 35 округах, как это записано в принятом в первом чтении законопроекте. По его мнению, данное положение заметно укрепит роль политических организаций в жизни государства и стимулирует их деятельность, что благосклонно скажется в развитии демократических процессов. В свою очередь депутат Валерий Зантария выступил за сокращение квоты для кандидатов, выдвинутых от партий и ОПД до одной трети округов, "это позволит кандидатам, выдвигаемым от избирательных объединений через собрания и сборы подписей, не чувствовать себя ущемленными". Кроме того, Валерий Зантария считает, что степень развития партий и ОПД республики оставляет желать лучшего, чтобы предоставлять им такие льготы. В ходе голосования депутаты большинством голосов поддержали предложение Зантария и внесли изменения в документ.

Другое предложение Валерия Зантария - осуществлять голосование по месту фактического проживания избирателя, не получило поддержки необходимого числа депутатов. По словам председателя ЦИК Сергея Смыр, только официальная прописка в паспорте позволит избежать хаоса во время выборов. "Разрешив голосовать избирателям по месту фактического проживания закон не сможет гарантировать того, что избиратель не проголосует сразу в двух и трех местах одновременно. С другой стороны - требование голосовать по месту прописки позволит наконец-таки, навести порядок во внутренней миграции населения и разобраться кто, где живет", - заявил председатель ЦИК. По словам депутата Ильи Гамисония, поддержавшего Сергея Смыр, всякие споры по поводу, где голосовать избирателям, будут сняты с введением паспорта гражданина Абхазии, и необходимо скорее решать эту проблему.

После рассмотрения всех поправок в отдельности, депутаты проголосовали за проект закона "О выборах депутатов Народного Собрания - Парламента Республики Абхазия" во втором чтении. Согласно существующему регламенту работы парламента, в третьем чтении документ подвергнется только незначительной редакторской правки.