Выдающийся азербайджанский писатель-просветитель, философ-материалист, зачинатель азербайджанской драматургии.
Родился 30 июня (12 июля по новому ст.) в г. Нуха (ныне Шеки). Получил духовное образование в г. Гяндже. Владел русским, арабским и персидским языками. В 1834 году переехал в Тифлис, где до 1861 года служил переводчиком в канцелярии царского наместника на Кавказе. Также преподавал персидский и тюркский языки в Тифлисском уездном училище. В 1830-х годах началась литературная деятельность Ахундова, направленная против отсталости и религиозного догматизма, за просвещение, свободу и прогресс. В своих литературно-критических статьях М. Ф. Ахундов подвергал критике придворно-эпигонскую и религиозно-мистическую поэзию, разрабатывал принципы реалистического идейного искусства, пропагандировал новые литературные жанры. Первое значительное произведение - элегическая поэма "На смерть Пушкина" (1837). Поэма была переведена на русский язык и опубликована в журнале "Московский наблюдатель" (1837).
Литературный талант Ахундова с особенной силой проявился в драматургии. С 1850 по 1856 годы он написал 6 комедий, в которых нашла реалистическое отражение жизнь Азербайджана 1-й половины XIX века: "Мусье Жордан, ботаник и дервиш Масталишах, знаменитый колдун" (1850, первая постановка на русской сцене в переводе автора 1851, Петербург, 1852, Тифлис), "Молла Ибрагим Халил, алхимик, обладатель философского камня" (1850), "Везир ленкоранского ханства" (1850; постановка в первом азербайджанском театре, 1873, Баку), "Медведь, победитель разбойника" (1851), "Приключение скряги" ("Хаджи Кара", 1852), "Правозаступники в городе Тебризе"(" Восточные адвокаты", 1855). В сатирической повести "Обманутые звезды"(1857) Ахундов изобразил распад патриархальных отношений.
Мировоззрение Ахундова складывалось под воздействием прогрессивных идей философии Ближнего Востока, а также русской философии и идей французских материалистов XVIII века. В своем философском трактате "Три письма индийского принца Кемал-уд-Довле к персидскому принцу Джалал-уд-Довле...", статье "Ответ философу Юму" и др. Ахундов развивал материалистические идеи, отвергал бессмертие души, отделял философию и науку от религии, призывал к изучению природы. В теории познания Ахундов стоял на позициях материалистического сенсуализма, однако, не смог раскрыть диалектику чувственной и рациональной ступеней познания. Протестуя против социального гнета, Ахундов выступал в защиту прав женщин Востока. Цель воспитания Ахундов видел в подготовке сознательных граждан-патриотов, свободных от религиозных верований и предрассудков. Большое значение придавал эстетическому воспитанию подрастающего поколения; ратовал за распространение наук.
Философские произведения Ахундова в рукописях были известны во многих странах Востока и оказывали огромное влияние на развитие демократических идей. Ярый сторонник сближения с европейской культурой, Ахундов выступил с предложением заменить арабскую вязь на латинский алфавит и защищал проект нового алфавита в Турецкой академии наук.
Умер Мирза Фатали Ахундов в Тифлисе 26 февраля (10 марта по новому ст.) 1878 года в Тифлисе. Его деятельность оказала большое влияние на развитие литературы и общественной мысли азербайджанского народа и народов Ближнего Востока.