Министр экономического развития и торговли Российской Федерации Г.О.Греф назначил начальником Южного таможенного управления генерал-лейтенанта таможенной службы Сергея Григорьевича Курдюмова. На таможенную службу Курдюмов поступил в сентябре 1992 года непосредственно после создания Северо-Кавказского таможенного управления (20 апреля 1992 года), сначала он был заместитель, затем первым заместителем начальника СКТУ. В 1999 году С.Г.Курдюмов возглавил Северо-Кавказское (с 2000 г. - Южное) таможенное управление.

Южное таможенное управление координирует деятельность 20 таможен в пределах Южного федерального округа. Коллектив ЮТУ по итогам 2003 года признан лучшим региональным таможенным управлением первой категории. За 9 месяцев 2004 года таможенными органами ЮТУ перечислено на счет Минфина России более 78 миллиардов рублей, что на 20,1% больше, чем за аналогичный период 2003 года.

9 сентября сего года зарегистрирована Федеральная таможенная служба (сокращенно - ФТС России), преобразованная из Государственного таможенного комитета России, согласно указу президента РФ. Южное таможенное управление (наименование сохранено) по своему статусу является территориальным органом федерального органа исполнительной власти - ФТС России, одним из её семи региональных таможенных управлений.

Приказом руководителя ФТС России, А.Е.Жерихова, исполняющим обязанности начальника Южной оперативной таможни назначен Валерий Петрович Максимов. В 1999 году с должности заместителя начальника управления ФСБ РФ по Астраханской области Максимов перешел на службу в таможенные органы (начальник Астраханской таможни).