По данным неправительственной организации Нагорного Карабаха Центр гражданских инициатив, в Карабахе действуют следующие религиозные организации: "Свидетели Иеговы" (с 1993 г., 200 членов), "Евангелистские баптисты" (с 2000, около 20 членов), "Христианская Евангелистская вера" (с 1999, 350 членов), "Адвентисты 7-го дня" (с 2000, 40 членов), "Евангелистская церковь" (с 1995 г., 600 членов), "Иисусисты" (данные не уточнены).

Как пишет карабахская газета "Демо", в 2005 году трое девятнадцатилетних членов христианских организаций оказались за тюремной решеткой. Во всех трех случаях молодые люди подверглись наказанию не за религиозные убеждения вообще, а за уклонение от армейской службы.

Двое из них - Арег Аванесян и Армен Григорян - Свидетели Иеговы. Они осуждены соответственно на 4 и 2 года лишения свободы. Оба согласны на альтернативную службу. Гагика Мирзояна приговорили к одному году тюремного заключения не за уклонение от воинской службы, а за нежелание давать военную присягу. Гагик - баптист и утверждает, что Христос запрещает клясться.

По мнению председателя НПО "Центр гражданских инициатив" Альберта Восканяна, все увереннее звучит мнение о "безальтернативности" альтернативной службы и необходимости выработки эффективного механизма определения наличия соответствующих религиозных убеждений у призывников.

Характерной особенностью всех религиозных меньшинств является то, что они действуют без регистрации в министерстве юстиции Нагорного Карабаха в качестве общественной организации, ссылаясь на жесткие требования со стороны последнего. Несколько раз правоохранительные органы Степанакерта конфисковывали литературу баптистов, ибо последние, без соответствующей лицензии мэрии, устанавливали в центре столицы Нагорного Карабаха столики с книгами религиозного содержания.