Репрессии против греков, так же как и против других христианских народов Османской империи, проводились периодически и до 1919 г. Например, немало греков и ассирийцев погибли во время организованных султаном Гамидом II армянских погромов 1894 – 1896 гг. В марте 1915 г. в окрестностях г. Смирны (ныне Измир) младотурками была осуществлена резня греков, призванных незадолго до этого в турецкую армии.
Однако геноцидальная политика по отношению к греческому населению Турции стала активно проводиться турецкими националистами под руководством Мустафы Кемаля (Ататюрка) во время греко-турецкой войны 1919 – 1922 гг. Надо отметить, что война была начата Грецией в нарушение Мудросского перемирия, заключенного между Антантой и капитулировавшей в первой мировой войне Турцией, с целью возвращения исторических греческих территорий в Малой Азии и европейской части Турции.
Сопротивление греческой армии оказывали войска турецких националистов, не признававших ни Мудросского перемирия, ни заключенного позднее в 1920 г. Севрского мирного договора. Вплоть до лета 1921 г. греческая армия продолжала наступление и дошла почти до Анкары. Однако благодаря умелой игре на противоречиях между странами-членами Антанты кемалистам удалось закупить вооружение у Франции и Италии, а также получить военную помощь от большевиков (10 млн. рублей золотом, оружие, аммуницию) и, перегруппировав силы, перейти в наступление. В августе-сентябре турки нанесли грекам тяжелое поражение, после которого началось отступление греческой армии. Наступление войск Кемаля сопровождалось тотальной резней мирного греческого населения Турции. Апогеем разрушения стало взятие турками Смирны: кемалисты и местные турки подожгли греческие, армянские и европейские кварталы города и устроили резню христиан. Количество погибших в течение семидневного погрома составило примерно 100000 человек.
Примечательно, что за резней и поджогами наблюдали со своих боевых кораблей союзники греков, в частности британцы, имеющие приказ не вмешиваться в происходящее. Позднее очевидец погрома американский консул Джордж Хортон написал: “Одно из самых сильных моих впечатлений было чувство стыда за то, что я принадлежу к роду человеческому”.
В 1923 г. по условиям Лозанского мирного договора Греция и Турция совершили обмен: 1,2 млн. греков, проживавших в Восточной Фракии и Малой Азии, были отправлены в Грецию, а в Турцию переселились 375 000 турок из Греции. Стамбульские греки в качестве исключения были освобождены от переселения.
Число жертв геноцида греков по разным оценкам составляет от 600000 до 1 млн. человек. Большой утратой для человечества является также уничтожение культурной самобытности понтийского гречества. Понтийский греческий являлся звеном, связывавшим древний и современный греческие языки. Сегодня понтийский диалект и сопутствующая ему культура находятся на грани вымирания. В современной греческой литературе события 1919 – 1923 гг. называются греческим холокостом или понтийским геноцидом.