9 июня КГБ Республики Южная Осетия заявил, что с одобрения высшего руководства Грузии спланирована и подготовлена операция по устранению Эдуарда Кокойты. КГБ отметил, что с целью проведения операции в населенном пункте Курта находится специальное подразделение грузинских военных.

Министерство внутренних дел Грузии опровергло информацию о готовящейся операции по захвату либо физическому устранению президента Южной Осетии Эдуарда Кокойты. "Кроме того, что это абсурд, ничего сказать не могу", - заявил глава администрации МВД Грузии Шота Хизанишвили.

Между тем, официальный сайт МВД Грузии еще в конце ноября 2005 года разместил информацию, где имя Эдуарда Кокойты фигурирует в числе лиц, физическую ликвидацию которых намерено осуществить МВД Грузии.

25 ноября 2005 года министр внутренних дел и государственной безопасности Грузии Вано Мерабишвили в телевизионном выступлении по грузинскому каналу "Рустави-2" (видеозапись которого имеется у юго-осетинской стороны) озвучил список ряда должностных лиц Южной Осетии, которых обвинил в различных преступлениях.

Дословно он заявил: "Мы сделаем все для того, чтобы освободить эту территорию от таких страшных преступников, какими являются Кокойты, Баранкевич, Морозов и другие. Я лично даю гарантию, что так же, как сегодня сидят в тюрьмах 4-5 человек, обвиненные в террористических актах, и так же, как несколько человек были ликвидированы нами во время спецопераций, я гарантирую, что все те, кого я назвал, и список которых был опубликован, будут либо наказаны за совершенные преступления, либо их не будет в живых".

«В списке лиц, в подготовке убийства которых признался В. Мерабишвили, находится и Сопредседатель СКК от юго-осетинской стороны, несмотря на то, что он (а также все члены СКК) в соответствии со своим международным статусом обладает правом неприкосновенности и свободного передвижения в зоне конфликта. При этом его безопасность должна гарантироваться правоохранительными органами сторон. Однако как видим, руководитель МВД и МГБ Грузии Вано Мерабишвили вместо этого гарантирует... убить Сопредседателя СКК!», - написал тогда Сопредседатель СКК от юго-осетинской стороны Борис Чочиев Действующему Председателю ОБСЕ.

После убийства в результате взрыва бывшего секретаря Совета Безопасности РЮО Олега Алборова 9 июля 2006 года и унесшего жизни двоих подростков теракта против депутата парламента Южной Осетии, казачьего атамана Бала Бестауты, который сам не пострадал по случайности, МВД Грузии удалил со своего сайта страничку с данной схемой. Однако она сохранилась в компьютерах пользователей, а также информационных служб Южной Осетии.