"Мы готовы идти на переговоры, вплоть до амнистии, и гарантировать им безопасность. Но это не касается тех, кто с оружием в руках посягает на конституционный строй", - заявил Магомедсалам Магомедов.

20 февраля 2010 года Магомедсалам Магомедов официально вступил в должность президента Дагестана.

24 февраля 2010 года Магомедсалам Магомедов предложил кандидатуру Магомеда Абдулаева на пост председателя правительства республики. 25 февраля тайным голосованием в законодательном собрании Дагестана Абдулаев был избран премьер-министром Дагестана.

В ноябре 2010 года президент Магомедов совершил хадж и встретился с заместителем председателя правительства, министром внутренних дел Королевства Саудовская Аравия Наифом бин Абдель Азиз Аль Суудом, в резиденции короля Абдаллы бин Абдель Азиза ⁵.

В декабре 2011 года Магомедсалам Магомедов возглавил список кандидатов в депутаты Госдумы от политической партии "Единая Россия" по Республике Дагестан. Был избран депутатом, однако от мандата отказался.

14 января 2013 года, после встречи Магомедсалама Магомедова с президентом России Владимиром Путиным, появилась информация о возможной отставке главы республики.