В 1993-94 годах был президентом аналитического центра "Азери".

С 1994 по 1997 год был представителем международной гуманитарной организации "Каритас" в Азербайджане.

С 1997 года по настоящее время является руководителем департамента конфликтологии и миграции Института мира и демократии, экспертом ООН по депортированным народам, экспертом международного независимого исследовательского Совета по миграции стран СНГ и Балтии, экспертом международной Сети этнологического мониторинга и раннего предупреждения конфликтов. 

Преследования

28 апреля 2014 года Ариф Юнус вместе с супругой Лейлой Юнус прибыл в аэропорт Баку для вылета в Париж и далее в Брюссель по приглашению ЕС для участия в международном мероприятии, где был задержан правоохранительными органами Азербайджана. С места задержания А.Юнус был госпитализирован в предынсультном состоянии в реанимационное отделение городского клинического центра №1 Баку. Лейла Юнус была доставлена в следственное управление по тяжким преступлениям Генеральной прокуратуры Азербайджана, где была допрошена в качестве свидетельницы по делу журналиста Рауфа Миркадырова, подозреваемого в государственной измене. Также были проведены обыски на квартире Юнусов и в офисе Института мира и демократии.

Ранее Арифу Юнусу было неоднократно отказано в снятии денежных средств с текущего счета в филиале STB Unibankа. Работники банка называли разные причины отказа: отсутствие денежных средств, технические трудности, а в день несостоявшегося вылета в головном офисе банка начальник подразделения безопасности обосновал отказ, сославшись на решение Насиминского суда, заявив, что деньги не будут выданы ¹.

В свою очередь начальник следственного управления по тяжким преступлениям Генеральной прокуратуры Азербайджана Эльдар Ахмедов, по словам Лейлы Юнус, опроверг эту информацию, заявив: "Никакого запроса в банк управление не подавало, соответствующего решения Насиминского районного суда также не было" ².

29 апреля 2014 года Норвежский Хельсинкский комитет распространил заявление с критикой задержания в Азербайджане директора Института мира и демократии Лейлы Юнус и ее супруга Арифа Юнуса. Организация обратилась к государствам мира с призывом выразить протест против действий азербайджанских властей.